Ένα αποτρόπαιο εύρημα, ανακάλυψαν συνεργεία που έκαναν εργασίες ανακαίνισης σε ερευνητικό εργαστήριο στο Μόναχο που πριν τον πόλεμο ήταν άσυλο για Ψυχικά νοσούντες.
Σε μια ξεχασμένη κρύπτη στο εργαστήριο Max Planck που ουδείς γνώριζε ότι υπήρχε στα υπόγεια του, βρέθηκαν ανθρώπινα μέλη, πολλά από αυτά παραμορφωμένα με βία και ύστερα από βασανιστήρια . Οι εμπειρογνώμονες που τα εξέτασαν διαπίστωσαν πως πρόκειται για κρατούμενους του Άουσβιτς, οι οποίοι πρέπει να είχαν μεταφερθεί εκεί για να μπορέσει ο δρ. Μένγκελε να συνεχίσει τα πειράματα του.
Βρέθηκαν, άνω και κάτω άκρα, κορμοί ανθρώπων ακόμη και εγκέφαλοι διατηρημένοι σε φορμόλη. Όλοι τους θύματα των ναζί στο Άουσβιτς στην πλειοψηφία τους Σοβιετικοί και Εβραίοι.
Στο συγκεκριμένο άσυλο στο οποίο ο Μένγκελε συνέχιζε να πειραματίζεται επάνω σε ανθρώπους γινόντουσαν οι ίδιες θηριωδίες που γινόντουσαν και στο Άουσβιτς. Κάποιοι από τους εγκέφαλους λένε οι ειδικοί μπορεί να ανήκουν σε ανθρώπους στους οποίους έκανε πειράματα ένας άλλος γιατρός των ναζί ο Τζούλιους Χάλερβορντεν.
Ο γιατρός Μένγκελε, έκανε εγχειρήσεις σε ανθρώπους δίχως να χρησιμοποιεί αναισθητικό, για να δει μέχρι που μπορεί να φτάσει ο ανθρώπινος πόνος. Ο Μένγκελε λάτρευε να αδειάζει γαλάζιο ή πράσινο χρώμα (από αυτό που χρησιμοποιείται για βάψιμο) με σύριγγες στους βολβούς των ματιών των ανθρώπων πειραματόζωων του, προκειμένου να έχουν όλοι τα χρώματα της Άριας φυλής.
Η εμμονή του ναζί γιατρού ήταν τα δίδυμα. Επάνω τους άσκησε όλη την φρικτή ναζιστική θηριωδία με μορφή πειραμάτων. Από τα 3.000 ζευγάρια διδύμων που εξέτασε στο Άουσβιτς την περίοδο 1943 – 1945, μόνο 100 άνθρωποι επέζησαν.
Ο Μένγκελε εξαφανίσθηκε με την ουρά στα σκέλια για να μην λογοδοτήσει για τα φρικτά του εγκλήματα, όταν οι Σοβιετικοί συνέτριψαν τους ναζί και απελευθέρωσαν το Άουσβιτς.
Κρύφτηκε σε μια μονάδα της Βέρμαχτ, η οποία λίγο αργότερα παραδόθηκε στους Αμερικανούς και κρατήθηκε σε στρατόπεδο κοντά στο Σαουεντστάιν. Τρεις μήνες αργότερα αφέθηκε ελεύθερος, αφού οι Αμερικανοί δεν γνώριζαν ακόμη για τον «Άγγελο του Θανάτου» από το Άουσβιτς. Το φθινόπωρο του 1945 έφτασε στο Ροζενχάιμ της Βαυαρίας, όπου κρύφτηκε πάλι σε ένα απόμερο αγρόκτημα. Το διάστημα εκείνο χρησιμοποιούσε το όνομα Φριτς Χόλμαν.
Τον Απρίλιο του 1949 κατέφυγε ως Χέλμουτ Γκρέγκορ στη Γένοβα, από όπου στις 20 Ιουνίου 1949 ταξίδεψε στο Μπουένος Άιρες με το ατμόπλοιο North King. Με τη βοήθεια άλλων εγκληματιών πολέμου που είχαν καταφύγει εκεί και με πλαστά χαρτιά του Ερυθρού Σταυρού, έζησε εκεί μέχρι το τέλος της δεκαετίας του 1950. Με πλαστή ταυτότητα ταξίδεψε τουλάχιστον μια φορά ακόμη στη Γερμανία. Όταν άκουσε ότι ήταν καταζητούμενος, κατέφυγε στην Παραγουάη.
Μετά την απαγωγή του Άντολφ Άιχμαν, κρύφτηκε στο Σάο Πάολο. Πέθανε στις 7 Φεβρουαρίου 1979 στη Βερτιόγκα, κατά τη διάρκεια διακοπών που έκανε: Έπαθε εγκεφαλικό επεισόδιο και πνίγηκε ενώ κολυμπούσε.
Ο τάφος του ανακαλύφθηκε το 1985 από Γερμανούς, Αμερικανούς και Ισραηλινούς ερευνητές. Εντός δύο εβδομάδων επικυρώθηκε η ταυτότητα του πτώματος, μετά δε και από εξέταση DNA το 1992, υπάρχει απόλυτη βεβαιότητα ότι επρόκειτο για τον Μένγκελε.
Το Ποντίκι